Wróć do Newsroom
Kalendarz Podatkowy 2025
Czytaj więcej
Mailchimp - subscribe form sidebar

KSeF w JST krok po kroku – jak przygotować jednostkę samorządu do wdrożenia systemu e-Faktur | News Flash

30 października 2025

Wejście w życie obowiązkowego Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) stanowi dla podatników ogromne wyzwanie. Nowe przepisy oznaczają nie tylko zmianę narzędzi służących do fakturowania, ale również konieczność reorganizacji procesów finansowo-księgowych, sprzedażowych czy kontrolnych. Szczególnym wyzwaniem jest wdrożenie KSeF w JST, czyli jednostkach samorządu terytorialnego, które ze względu na specyfikę rozliczania VAT muszą zmierzyć się z wyjątkowo skomplikowanym procesem dostosowania do nowych przepisów.  Brak odpowiedniego przygotowania do KSeF w jednostkach samorządu terytorialnego może skutkować poważnymi problemami organizacyjnymi i finansowymi.

Mamy nadzieję, że niniejsza publikacja okaże się dla Państwa praktycznym wsparciem i pomoże sprawnie przygotować się do wdrożenia KSeF w jednostkach samorządu terytorialnego.

Pobierz bezpłatny przewodnik po KSeF w JST

Jak KSeF wpłynie na rozliczenia VAT w JST

Choć samorządowe jednostki budżetowe i samorządowe zakłady budżetowe (dalej: jednostki podrzędne) prowadzą samodzielną działalność gospodarczą i mogą sprawiać wrażenie odrębnych podatników, na gruncie VAT podatnikiem jest jedna całość – jednostka samorządu terytorialnego (JST) wraz ze swoimi jednostkami podrzędnymi. Obejmuje to urząd obsługujący JST, samorządowe jednostki budżetowe oraz samorządowe zakłady budżetowe, które stanowią „części” jednego podatnika VAT.[1]

Powyższa centralizacja dotyczy jedynie rozliczeń dla celów VAT. W praktyce oznacza to, że zarówno JST, jak i jej jednostki podrzędne mogą posiadać odrębne identyfikatory podatkowe NIP, przy czym dla rozliczeń VAT kluczowy jest numer NIP JST, natomiast numer NIP jednostki podrzędnej może
być wykorzystywany np. przy opłacaniu zaliczek na podatek dochodowy od wynagrodzeń pracowników.

Wejście w życie KSeF nie zmieni powyższych zasad rozliczania VAT przez jednostki samorządu terytorialnego. Co więcej, JST będą traktowane dla celów KSeF tak samo jak pozostali podatnicy VAT. Oznacza to, że będą zobowiązani do m.in.:

  • wystawiania i odbierania faktur w KSeF
  • stosowania trybu online, offline awarii awaryjnego
  • oznaczania faktur kodami QR
  • podawania numeru KSeF przy płatnościach za faktury VAT od 1 stycznia 2027 roku.

Faktury ustrukturyzowane wystawiane przez JST

Jednostki samorządu terytorialnego, wystawiając faktury VAT, zobowiązane są do wskazywania swojego numeru NIP wraz z nazwą i adresem. Jeżeli faktura dotyczy jednostki podrzędnej, dodatkowo na fakturze mogą zostać zamieszczone numer NIP, nazwa i adres tej jednostki podrzędnej.

Po wejściu w życie obowiązkowego KSeF wskazanie danych jednostki podrzędnej na fakturze ustrukturyzowanej stanie się wręcz konieczne, aby możliwe było jej prawidłowe zaksięgowanie.

W fakturach ustrukturyzowanych wystawianych przez JST w ramach KSeF, w strukturze FA(3) będzie należało podać:

  • dane sprzedawcy, czyli JST w elemencie Podmiot1 (wraz z numerem NIP JST)
  • dane nabywcy w elemencie Podmiot2
  • dodatkowo – dane jednostki podrzędnej w elemencie Podmiot3 (wraz z jej numerem NIP
    oraz wypełnionym polem Rola – „7” – JST wystawca).

Uzupełnienie danych jednostki podrzędnej w elemencie Podmiot3 umożliwia wystawienie faktury, w której formalnym sprzedawcą pozostaje JST, przez osobę lub podmiot działający w ramach danej jednostki podrzędnej.

Brak wskazania tych danych skutkuje tym, że faktura ustrukturyzowana będzie traktowana jako wystawiona przez całą JST, a nie przez konkretną jednostkę podrzędną i w konsekwencji będzie widoczna w ogólnej ewidencji faktur JST, a nie w ewidencji tej jednostki podrzędnej.

Faktury wystawiane na rzecz JST w KSeF

Podobnie jak w przypadku faktur wystawianych przez jednostki samorządu terytorialnego (JST), również faktury wystawiane na rzecz JST powinny wskazywać JST jako nabywcę – z jej numerem NIP, nazwą i adresem. Dodatkowo na fakturach można zamieścić dane jednostki podrzędnej, jeżeli dana transakcja jej dotyczy. Po wejściu w życie obligatoryjnego KSeF wskazywanie danych jednostek podrzędnych na fakturach ustrukturyzowanych będzie konieczne, aby trafiły do odpowiedniej jednostki podrzędnej.

W przypadku faktur zakupowych otrzymywanych przez JST, w strukturze FA(3) będzie należało podać:

  • dane sprzedawcy w elemencie Podmiot1
  • dane nabywcy, czyli JST, w elemencie Podmiot2 (wraz z numerem NIP JST), oraz wartość „1” w polu znacznikowym JST
  • dodatkowo – dane jednostki podrzędnej w elemencie Podmiot3 (wraz jej numerem NIP oraz wypełnionym polem Rola – „8” – JST odbiorca).

Ujęcie danych jednostki podrzędnej w elemencie Podmiot3 umożliwi dostęp do faktury, w której nabywcą jest JST, zarówno:

  • samej JST oraz osobom fizycznym lub podmiotom uprawnionym do wglądu w faktury w ramach całego samorządu,
  • jak i osobom fizycznym lub podmiotom działającym w ramach jednostki podrzędnej, której dane (w tym numer NIP) zostały wykazane w elemencie Podmiot3.

Warto dodać, że JST wraz ze swoimi jednostkami podrzędnymi może również korzystać z identyfikatora wewnętrznego (IDWew). W takim przypadku, zamiast identyfikatora podatkowego NIP jednostki podrzędnej, na fakturze może być wskazany właśnie IDWew tej jednostki.

W strukturze logicznej FA(3) przewidziano także obowiązek wypełnienia znacznika JST w danych nabywcy (Podmiot2).

Podczas wystawiania faktury należy wskazać, czy dotyczy ona jednostki podrzędnej JST. Odbywa się to poprzez wypełnienie pola „JST” wartością „1” lub „2”:

  • wartość 1 oznacza, że faktura dotyczy jednostki podrzędnej JST – wówczas wystawca powinien wypełnić sekcję Podmiot3, podając NIP (lub identyfikator wewnętrzny IDWew) i określając rolę jako „8”,
  • wartość 2 oznacza, że faktura nie dotyczy jednostki podrzędnej JST.

Uwierzytelnienie w KSeF przez JST

Jednostki samorządu terytorialnego (JST) będą uwierzytelniały się w KSeF tak jak inni podatnicy niebędący osobami fizycznymi. Oznacza to, że uwierzytelnienie w KSeF w JST może odbywać się na dwa sposoby:

  • za pomocą kwalifikowanej pieczęci elektronicznej (czyli w uproszczeniu kwalifikowanego podpisu elektronicznego dla firm) lub
  • poprzez złożenie zawiadomienia ZAW-FA i wyznaczenia osoby fizycznej uprawnionej do korzystania z KSeF w imieniu JST (tzw. administratora).

Osoba pełniąca rolę administratora będzie posiadała pełny zakres uprawnień w systemie, w tym możliwość nadawania i odbierania uprawnień innym osobom fizycznym lub podmiotom działającym w imieniu JST.

Administrator, uwierzytelniając się w KSeF w imieniu JST, będzie podawał jako numer identyfikacji podatkowej numer NIP JST oraz uwierzytelniał się przy użyciu np. Profilu Zaufanego lub kwalifikowanego podpisu elektronicznego.

Warto podkreślić, że zawiadomienie ZAW-FA może być składane wyłącznie przez JST, a nie jednostki podrzędne. Administrator JST będzie mógł zarządzać jednostkami podrzędnymi i nadawać osobie fizycznej uprawnienia administratora jednostki podrzędnej. Następnie administrator jednostki podrzędnej będzie mógł nadawać uprawnienia kolejnym osobom fizycznym lub podmiotom w imieniu jednostki podrzędnej (ale nie w imieniu innych jednostek podrzędnych lub całego JST).

Dodatkowo, JST będą mogły korzystać z pozostałych metod uwierzytelniania przewidywanych w KSeF, takich jak certyfikaty KSeF oraz tokeny (przy czym z tokenów będzie można korzystać jedynie do końca 2026 roku).

JST i administrator wskazany w ZAW-FA mogą nadawać uprawnienia osobom fizycznym pełniącym funkcje administratorów jednostek podrzędnych. Osoba fizyczna będąca administratorem jednostki podrzędnej może posiadać w KSeF uprawnienia do:

  • zarządzania uprawnieniami w ramach jednostki podrzędnej
  • wystawiania faktur, w których jednostka podrzędna występuje jako Podmiot3 o roli „7” – JST wystawca, a JST występuje jako Podmiot1 (sprzedawca)
  • dostępu do faktur, w których jednostka podrzędna występuje jako Podmiot3, a JST występuje jako sprzedawca lub nabywca.

Z kolei administrator jednostki podrzędnej JST może nadać uprawnienia osobie fizycznej m.in. do:

  • zarządzania uprawnieniami w ramach jednostki podrzędnej
  • wystawiania faktur, w których jednostka podrzędna występuje jako Podmiot3 o roli „7” – JST wystawca, a JST jako Podmiot1 (sprzedawca)
  • dostępu do faktur, w których jednostka podrzędna JST występuje jako Podmiot3, a JST występuje jako sprzedawca lub nabywca.

Przykłady nadawania uprawnień w KSeF w JST

  1. JST składa zawiadomienie ZAW-FA i wyznacza burmistrza miasta jako osobę korzystającą z KSeF w imieniu JST (administratora),
  2. Osoba fizyczna wyznaczona przez JST (administrator – burmistrz) uwierzytelnia się w KSeF podpisem kwalifikowanym i wyznacza osobę fizyczną na administratora jednostki podrzędnej, czyli urzędu gminy (zastępcę burmistrza),
  3. Osoba fizyczna wyznaczona przez JST (administrator – burmistrz) uwierzytelnia się w KSeF podpisem kwalifikowanym i wyznacza osobę fizyczną na administratora jednostki podrzędnej, czyli samorządowej jednostki budżetowej (dyrektora szkoły),
  4. Osoba fizyczna wyznaczona przez JST (administrator – burmistrz) uwierzytelnia się w KSeF podpisem kwalifikowanym i wyznacza osobę fizyczną na administratora jednostki podrzędnej, czyli samorządowej jednostki budżetowej (dyrektora MOPS),
  5. Osoba fizyczna będąca administratorem urzędu gminy (zastępca burmistrza) nadaje uprawnienie do wystawiania faktur i dostępu do faktur – w ramach jednostki podrzędnej (urzędu gminy) osobie fizycznej (księgowej obsługującej urząd gminy),
  6. Osoba fizyczna będąca administratorem samorządowej jednostki budżetowej (dyrektor szkoły) nadaje uprawnienie do wystawiania faktur i dostępu do faktur – w ramach jednostki podrzędnej JST (szkoły) osobie fizycznej 1 (księgowej obsługującej szkołę),
  7. Osoba fizyczna będąca administratorem samorządowej jednostki budżetowej (dyrektor szkoły) nadaje uprawnienie do wystawiania faktur i dostępu do faktur – w ramach jednostki podrzędnej JST (szkoły) osobie fizycznej 2 (księgowej obsługującej szkołę),
  8. Osoba fizyczna będąca administratorem samorządowej jednostki budżetowej (dyrektor MOPS) nadaje uprawnienie do wystawiania faktur oraz dostępu do faktur w ramach jednostki podrzędnej JST (MOPS) osobie fizycznej (księgowej obsługującej MOPS).

W powyższym modelu:

Osoba fizyczna (księgowa obsługująca urząd gminy), po uwierzytelnieniu się w KSeF w kontekście numeru NIP urzędu gminy:

  • będzie mogła wystawiać faktury, w których sprzedawcą (Podmiot1) jest dana JST, a w Podmiot3 zostały wskazane dane (w tym numer NIP) jednostki podrzędnej (urzędu gminy) oraz
  • będzie posiadała dostęp do faktur JST, w których jednostka podrzędna występuje jako Podmiot3,
  • nie będzie mogła wystawiać pozostałych faktur, w których JST występuje jako Podmiot1, oraz nie będzie miała dostępu do pozostałych faktur JST, w tym faktur dotyczących pozostałych jednostek podrzędnych.

Osoba fizyczna 1 i osoba fizyczna 2 (księgowe obsługujące szkołę), po uwierzytelnieniu się w KSeF w kontekście numeru NIP szkoły:

  • będą mogły wystawiać faktury, w których sprzedawcą (Podmiot1) jest dana JST, a w Podmiot3 zostały wskazane dane (w tym numer NIP) jednostki podrzędnej (szkoły),będą posiadały dostęp do faktur JST, w których jednostka podrzędna występuje jako Podmiot3,
  • nie będą mogły wystawiać pozostałych faktur, w których JST występuje jako Podmiot1 oraz nie będą miały dostępu do pozostałych faktur JST, w tym faktur dotyczących pozostałych jednostek podrzędnych.

Osoba fizyczna (księgowa obsługująca MOPS), po uwierzytelnieniu się w KSeF w kontekście numeru NIP MOPS-u:

  • będzie mogła wystawiać faktury, w których sprzedawcą (Podmiot1) jest dana JST, a w Podmiot3 zostały wskazane dane (w tym numer NIP) jednostki podrzędnej (MOPS-u),będzie posiadała dostęp do faktur JST, w których jednostka podrzędna występuje jako Podmiot3,
  • nie będzie mogła wystawiać pozostałych faktur, w których JST występuje jako Podmiot1 oraz nie będzie miała dostępu do pozostałych faktur JST, w tym faktur dotyczących pozostałych jednostek podrzędnych.

Uprawnienie do wystawiania lub dostępu do faktur w KSeF w JST mogą posiadać również podmioty zewnętrzne wskazane przez jednostkę podrzędną (np. biura rachunkowe). JST lub administrator jednostki podrzędnej, nadając uprawnienia bezpośrednie podmiotowi posiadającemu numer NIP (np. biuru rachunkowemu), decyduje czy dany podmiot  będzie mógł delegować uprawnienia dalej – na inne podmioty (np. swoich pracowników). W praktyce oznacza to rozróżnienie pomiędzy uprawnieniami bezpośrednimi a pośrednimi.

Korzystanie z tego rozwiązania jest dobrowolne, ale może znacząco ułatwić obsługę fakturowania w JST. Dzięki niemu, w przypadku zmian kadrowych w ramach podmiotu zewnętrznego (np. biura rachunkowego), nie ma konieczności aktualizowania danych wszystkich osób fizycznych uprawnionych do wystawiania lub dostępu do faktur przez JST czy jej jednostki podrzędne.

Wystarczy, że aktualizacji uprawnień osób fizycznych dokona sam podmiot (np. biuro rachunkowe), a nie wszystkie JST lub jednostki podrzędne, które wskazały ten podmiot jako uprawniony do działania w ich imieniu.

Wsparcie Accace

Z przyjemnością pomożemy Państwa jednostce samorządu terytorialnego, wraz z jej jednostkami podrzędnymi – odpowiednio przygotować się do wdrożenia KSeF. Oferujemy m.in. audyt procesów fakturowania i ich zgodności z KSeF, mapowanie transakcji i weryfikacje aspektów podatkowych, dedykowane szkolenia i warsztaty dla działów księgowych, operacyjnych i IT, oraz wiele innych czynności wspierających odpowiednie przygotowanie do KSeF.


Marcin Szczerbiński
Tax Supervisor
Skontaktuj się z nami
katarzyna-rogowska-accace-poland
Katarzyna Rogowska
Senior Tax Manager
Skontaktuj się z nami
Kalendarz Podatkowy 2025
Czytaj więcej
Mailchimp - subscribe form - page
pushpinmap-markerdownloadcrosschevron-leftarrow-leftarrow-right